Le Chevalier Brun (Le guerrier de la lumière)

Après avoir séquencé le génome humain et quitté Celera Genomics, Venter à fondé le J. Craig Venter Institute et littéralement séquencé des échantillons d'eau de mer, des Seychelles à la Nouvelle Calédonie en passant par la mer des Sargasses. Ce séquençage à l'aveugle à produit 1.045 giga nucléotides d'ADN microbien. Les séquences d'ADN ont été déposées dans GENBANK sans aucune annotation fonctionnelle; la bioinformatique est l'outil principal pour observer la biodiversité à cette échelle!

Votre mission, si vous l'acceptez, est de tenter d'identifier l'origine microbiologique de ces séquences (archae, protistes, algues, virus?), de déterminer quelles séquences sont codantes, et dans l'affirmative conclure s'il s'agit de protéines connues ou nouvelles.

La première opération sera d'identifier d'éventuels cadres ouverts de lecture (ORF). Les ORF qui correspondent vraissemblablement à des gènes codants seront repérables essentiellement à leurs tailles (au delà de 100 à 150 acides aminés) et aux similitudes de séquences avec d'autres gènes déjà connus et présents dans les banques annotées telles que SWISSPROT.

L'objectif est donc double:
-identifier de nouvelles espèces de microorganismes
-identifier des protéines totalement nouvelles ou des membres jusqu'à là inconnus de familles protéiques caractérisées.